En février 1864, le père missionnaire Bernard Petitjean inaugure l’église d’Ōura, à Nagasaki, premier édifice catholique moderne dans un Japon en train de s’ouvrir, bon gré mal gré, à l’Occident. Quelques jours plus tard, il voit venir à lui une vingtaine de paysans. Après s’être prudemment approché du sanctuaire, puis timidement agenouillé devant une statue de la Vierge, l’un d’eux s’adresse alors au prêtre stupéfait et lui dit : « Nous avons la même foi que toi ». Dans un pays qui sort à peine de 200 ans de fermeture aux influences étrangères (sakoku) et dans lequel le christianisme était interdit sous peine de mort depuis 1614, l’Occident découvre l’existence des « chrétiens cachés » du Japon (kakure kirishitan).
C’est en 1549 que les premiers missionnaires catholiques débarquent au Japon, à Kagoshima, dans l’île de Kuyshu. Sous la houlette de saint François Xavier, ils développent une intense activité prosélyte, favorisée par une période de troubles civiles qui divisent alors le pays. Les autorités, indifférentes ou bienveillantes, mettent parfois même des temples bouddhistes abandonnés à disposition des missionnaires et les laissent libres de prêcher leur foi. En deux ans, près de 15 000 Japonais sont ainsi évangélisés et baptisés.
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